研究人员已经发现，CRISPR/Cas9的脱靶效应通常依赖于sgRNA。除了能够编辑靶向位点外，sgRNA还可以容忍高达5至6个错配碱基，或者由于sgRNA缺失或包含多余碱基而在基因组其他位点导致非靶向切割，进而产生脱靶效应。在基因组中，这些潜在的脱靶位点数量可达到成千上万。因此，全面评估全基因组范围内的脱靶效应便成为了一项严峻的挑战。

在这种背景下，尊龙凯时团队采用了基于全基因组测序和生物信息学的预测技术，分析了脱靶效应所导致的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）。近年来，基因组测序的广泛应用在脱靶检测方面展现了强大潜力。例如，Kevin等人（2021）通过全基因组测序和生物信息学分析评估了Cas9的脱靶风险。他们对163个sgRNA在基因编辑小鼠与对照小鼠中的基因组序列与结构变异进行了比较。

在该研究中，利用Cas-OFFinder工具预测出了163个sgRNA在基因组内的556,266个潜在脱靶位点。通过交集分析变异信息与潜在脱靶位点，他们最终检测到了28个脱靶位点，其中9个经Sanger测序验证为真实脱靶位点。这一发现表明，尽管真实脱靶现象仅占潜在脱靶的一小部分，仍需重视这一风险。

应用于基因编辑的脱靶特性分析中，尊龙凯时研发团队结合基因组测序，推出了全基因组脱靶检测服务。通过使用mutect2作为变异分析工具，团队能够通过对比基因编辑组与对照组的测序数据，识别出SNV和Indels变异。同时，Cas-OFFinder作为潜在脱靶位点预测工具，可以有效分析sgRNA与基因组之间的匹配情况，以预测可能的脱靶位点。结合mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的潜在脱靶位点预测，团队能够明确识别发生编辑的脱靶位点，提高了检测的准确性。

此外，我们还应用了CNVkit和Manta两种生物信息学工具进行深入分析，其中CNVkit能够识别基因组的拷贝数变化，而Manta则负责检测插入、缺失和易位等染色体结构变异。这些结果对于全面了解基因编辑引起的染色体结构变异具有重要意义。

与GUIDE-seq的体内检测相比，尊龙凯时的全基因组脱靶检测不依赖于ODN插入，提供了更为灵活和高效的检测方法。同时，它能够分析大规模染色体变异，为用户全面评估基因编辑的效果和风险提供强有力的支持。作为国内首家提供脱靶检测服务的企业，尊龙凯时可为您提供全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测等多种专业服务。如有需要，欢迎随时咨询。